Kramnik được chẩn đoán bị một dạng hiếm của bệnh viêm khớp, có tên là viêm đốt sống dẫn tới cứng khớp (tiếng Anh: ankylosing spondylitis). Nó gây cho anh sự bất tiện, mệt mỏi khi thi đấu. Tháng 1 năm 2006, Kramnik tuyên bố rằng anh phải bỏ giải Corus ở Wijk aan Zee để trị bệnh.[7]. Anh quay trở lại vào tháng 6 năm 2006, tham gia Olympiad cờ vua lần thứ 37. Anh thi đấu tốt ở giải này, có hệ số thi đấu cao nhất (2847) trong hơn 1300 kì thủ tham dự.

Tháng 12 năm 2006 Kramnik cưới nhà báo người Pháp Marie-Laure Germon. Hai người có một con gái sinh vào tháng 12 năm 2008 [8].